Video: Hva er en BAM-indeksfil?
2024 Forfatter: Lynn Donovan | [email protected]. Sist endret: 2023-12-15 23:51
EN BAM-fil (. bam ) er den binære versjonen av en SAM fil . En SAM fil (. sam) er en tabulatordelt tekst fil som inneholder data for sekvensjustering. Indeksering : IGV krever at både SAM og BAM filer sorteres etter posisjon og indeksert , og at indeksfiler følge en bestemt navnekonvensjon.
På samme måte spør folk, hvordan åpner jeg en BAM-fil?
Fra Fil menyvelg Åpen og velg BAM filer fra venstre side. Velg-knappen til høyre som sier Legg til en BAM-fil . Naviger til BAM Test Filer mappen du lastet ned velg with_index_with_graph. Klikk Åpen , velg kart.
For det andre, hvordan konverterer jeg en BAM-fil til Fastq? Nedenfor er trinnene for å konvertere BAM-fil til FASTQ-format. Dette vil fungere på Linux og vil kreve SAMTOOLS og BEDTOOLS
- Last ned SAMTOOLS.
- Pakk ut ved å bruke kommandoen tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Det vil opprette en mappe med navnet samtools-versjon.
- Flytt til katalogen cd samtools-versjon.
På samme måte, hvordan konverterer jeg en BAM-fil til en SAM-fil?
Til konvertere SAM til BAM , bruker vi samtools view-kommandoen. Vi må spesifisere at våre innspill er inne SAM-format (som standard forventer den BAM ) ved å bruke -S-alternativet. Vi må også si at vi ønsker at utgangen skal være BAM (som standard produserer den BAM ) med alternativet -b.
Hva gjør Samtools view?
Samtools er et sett med verktøy som manipulerer justeringer i BAM-formatet. Den importerer fra og eksporterer til SAM-formatet (Sequence Alignment/Map), gjør sortering, sammenslåing og indeksering, og lar deg hente lesninger i alle regioner raskt. Samtools er laget for å fungere på en strøm.
Anbefalt:
Hva er w3c hva er Whatwg?
Web Hypertext Application Technology Working Group (WHATWG) er et fellesskap av mennesker som er interessert i å utvikle HTML og relaterte teknologier. WHATWG ble grunnlagt av enkeltpersoner fra Apple Inc., Mozilla Foundation og Opera Software, ledende nettleserleverandører, i 2004
Hva er en prosess i et operativsystem hva er en tråd i et operativsystem?
En prosess, i de enkleste vilkårene, er et eksekveringsprogram. En eller flere tråder kjøres i sammenheng med prosessen. En tråd er den grunnleggende enheten som operativsystemet tildeler prosessortid til. Trådpoolen brukes først og fremst til å redusere antall applikasjonstråder og gi administrasjon av arbeidstrådene
Hva er cellereferanser og hva er de forskjellige typene referanser?
Det er to typer cellereferanser: relative og absolutte. Relative og absolutte referanser oppfører seg annerledes når de kopieres og fylles til andre celler. Relative referanser endres når en formel kopieres til en annen celle. Absolutte referanser, derimot, forblir konstante uansett hvor de kopieres
Hva er en personlig datamaskin Hva er forkortelsen?
PC - Dette er forkortelsen for personlig datamaskin
Hva er sosial ingeniørkunst og hva er formålet?
Sosial ingeniørkunst er begrepet som brukes for et bredt spekter av ondsinnede aktiviteter utført gjennom menneskelig interaksjon. Den bruker psykologisk manipulasjon for å lure brukere til å gjøre sikkerhetsfeil eller gi bort sensitiv informasjon